STAI Madiun, sebagai salah satu lembaga pendidikan tinggi Islam di Indonesia, terus berupaya meningkatkan kualitas pendidikan dan membuka akses pendidikan yang lebih luas bagi mahasiswa dari berbagai kalangan. Salah satu upaya konkret yang dilakukan adalah melalui program layanan beasiswa yang disediakan oleh kampus, termasuk dalam Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) dan Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI). Dalam upaya memperluas akses pendidikan, STAI Madiun menyediakan berbagai jenis beasiswa bagi mahasiswa. Beberapa beasiswa yang populer dan sering menjadi pilihan mahasiswa antara lain:
- Beasiswa Madin Pemprov Jatim
- Beasiswa Tahfidz Qur’an
- Beasiswa Mahasiswa Berprestasi
- Beasiswa Peningkatan Prestasi Akademik (BPPA)
- Beasiswa Pemkot Madiun
- Beasiswa Penelitian Mahasiswa Kemenag RI